Ugodne naravne razmere so že v predrimski, posebej pa v rimski dobi nudile prebivalcem dobre možnosti za življenje.
Zato ne čudi, da se je na vzhodnem delu Spodnje Savinjske doline, ob njeni najnižji točki, že v halštatski oziroma železni in kasneje v keltski dobi razvila prva mestna naselbina, imenovana Keleia. V rimski dobi, za časa cesarja Klavdija (41–45) je naselbina, imenovana Municipium Claudia Celeia, dobila mestne pravice in doživela tudi svoj prvi vrhunec. V času velikih selitev (5. in 6. stol.) je bilo mesto porušeno, vendar so ga že v zgodnjem srednjem veku obnovili. Prvo omembo srednjeveškega Celja (Cylie) najdemo v Admontski kroniki, ki je nastala med leti 1122 in 1137.
V poznem srednjem veku je Celju v kratki dobi vladanja neizbrisen pečat vtisnila uspešna in ambiciozna rodbina Žovneških gospodov, kasnejših Celjskih grofov in knezov, ki je s spretno politiko posegla celo v vrhove tedanje evropske politike. Hčere so možili z evropskimi kralji in cesarji. Žovneški, ki so dobili najprej grofovski in nato še knežji naslov, so si Celje izbrali za prestolnico. Sprva je bil sedež Celjskih Gornje Celje (Stari grad), že okrog leta 1400 pa nova renesančna zgradba v mestu, imenovana Spodnji grad. Celjska naselbina je s tem veliko pridobila. Dne 11. aprila 1451 je celjski grof Friderik II. podelil Celju status mesta z vsemi mestnimi pravicami, v naslednjih desetletjih pa še za tiste čase obvezno mestno obzidje (zgrajeno 1473) in obrambni jarek.
Po smrti zadnjega Celjana grofa Ulrika II. (1456) je posest Celjskih prišla v roke Habsburžanov. Celje je bilo v tem času eno najpomembnejših renesančnih centrov na Slovenskem, zato se je v mestu, ki je postalo središče "celjske četrti", začelo razvijati pravo mestno življenje z razvito trgovino in raznovrstno obrtjo. Tudi sodobna duhovna gibanja (protestantizem), turška nevarnost in naravne katastrofe, ki so v tem času razburjali moralno, gospodarsko in politično razsuto Evropo, niso obšli mesta ob Savinji.
Kljub vsem tegobam pa je mesto živelo svoje življenje dalje. Konec 18. stoletja je Celje doživljalo novo renesanso. Znanilec nove dobe je bilo mestno obzidje, ki se je ob koncu 18. stol. moralo umakniti urbanizaciji in začetni moderni industriji. Ko je leta 1846 pripeljal v Celje prvi vlak, je mesto še živelo v miru in bidermajerskem vzdušju. V 2. pol. 19. stoletja se je tudi v Celju podobno kot v ostalih delih avstrijske Srednje Evrope pričela narodna prebuja, ki je ob koncu stoletja privedla do močne zaostritve nacionalnih odnosov in po prvi svetovni vojni do razpada večstoletne Habsburške monarhije.
Konec prve svetovne vojne (1918) je v mesto ob Savinji prinesel nove spremembe. Nov državno-politični okvir, spremenjeni politični nazori in nova duhovna soočenja so vplivala na mentaliteto ljudi in v mnogočem spremenila življenja takratnih Celjanov. Tudi druga svetovna vojna in okupacija je Celju in Celjanom pustila globoke in še danes nezaceljene rane. Pa vendar je Celje kot že nekajkrat pred tem ponovno vstalo iz pepela in zacvetelo v vsem svojem žaru.
Po drugi svetovni vojni je mesto ob Savinji dobilo lice živahnega industrijsko-trgovskega centra, poleg tega pa ima danes kot sedež mestne občine vse značilnosti regionalnega, upravnega, poslovnega, kulturnega, šolskega, zdravstvenega in turističnega središča. V zadnjih letih velja Celje za najhitreje razvijajoče se mesto v Sloveniji.